為深入推進粵港澳大灣區建設，南沙區政府按照「校區-園區-社區」融合發展理念規劃建設粵港深度合作園慶盛起步區，構建香港科技大學(廣州)-港式社區-慶盛交通樞紐的綜合硬體支撐，營造港人熟悉，國際一流的空間環境。同時，在港式社區內啟動建設港人子弟學校，依託香港優質教育資源，聚焦港澳人士子女入學需求，努力為在內地城市工作及生活的港人子女提供高品質的教育。

由於港人子弟學校須與港科大（廣州）項目2022年9月同步建成並交付使用，因此建設工期非常緊迫。為此，南沙區政府快速落實，由區規劃和自然資源局牽頭，區教育局、產業園管理局配合，並邀請何鏡堂院士和華南理工大學建築設計研究院團隊全面負責港人子弟學校的設計工作。僅僅用了2個月時間，團隊便完成了專案選址、開發模式研究、辦學使用需求和建築方案比選工作。

自2021年11月1日打下第一根工程樁以來，在施工高峰期，現場每天有1200多名工人、25台機械同時施工。在各方的共同努力下，項目僅用了90天（即2022年1月25日）便完成教學樓主體結構封頂，跑出新的「南沙速度」，為學校2022年9月投入使用奠定堅實基礎。